第二段剧情是类似于传统迷宫的构造，玩家可以自由选择路线，但最终还是会走到正确的路线上去。在成功逃离虫族巢穴之后，主角成功跟小队恢复了联络，得知虫族大军正在源源不断地发动进攻，只有找到巢穴中脑虫的位置才能遏制虫族大军。

　　于是主角再度返回虫族巢穴，最终炸死了藏身在地底的脑虫，非常惊险地逃出生天。

　　这次事件之后，主角和小队成员受到表彰，继续执行任务。

　　时间一晃来到数年之后，在这段时间内，人类不断地扩展实际的控制范围，同时拆解零件修复飞船和建造行星发动机的任务也在不断地向前推进。

　　再次从军营中走出来，罗舟抬头就能看到远处正在建造的行星发动机，那是一座一万多米的巨大山峰，离得很远就能看到。这是第一批修建的行星发动机，到目前为止只是搭起了一个大框架，能够看到无数的小型飞船正在围着它不断忙碌。

　　即使是这种级别的工程，人类的进度也很快，毕竟是在跟死神争分夺秒。随着游戏进程的推进，每次玩家看向行星发动机的时候都会诧异地发现它好像又完工了一小部分。

　　主角因为之前摧毁虫族巢穴的优异表现而得到指挥官的赏识，甚至能够直接面对星际火种计划的最终负责人——最高执政官，从那里直接领取一些极为特殊的任务。

　　这次主角领到了一个让他有些诧异的任务，他要跟其他士兵一起协助进行星际飞船的修复工作，并警惕意外的发生。

　　修复星际飞船的议案从最开始就在讨论中，但直到现在才开始着手进行。所谓“修复”，无非是把完好的飞船零件拼凑一下，拆东墙补西墙，补出小部分能够正常运行的星际战舰。因为人类目前的科技尚不足以生产那些星际飞船的核心关键部件。

　　之所以这个议案到现在才着手进行，是因为在高层中始终存在着分歧和争议。罗舟从最高执政官处得知，虽然表面上看起来高层就星际火种计划达成了一致，开始全力发展重聚变技术、修建行星发动机，但私下里反对的声音一直都有。

　　在执行任务的过程中，罗舟通过窃听、搜集资料的方式，大概搞清楚了事情的全貌。

　　现在的高层已经分裂为飞船派、中立派和行星派三个派系。

　　目前，中立派暂时站在行星派，也就是最高执政官这边，飞船派的人数最少。但飞船派中有大量的高级军官、技术精英，虽然暂时没有什么非分之想，但可能产生的破坏力却是不容小觑的。

　　而这些人之所以坚定选择飞船派，理由也看似很充分：“行星发动机是以全人类命运为赌注的一场豪赌，一旦失败人类将会万劫不复。作为人类的精英，他们理应首先撤离，而不应该在这里冒无谓的风险。”

　　飞船派的人在数年的政治运作无果后，已经把在密谋抢夺飞船，进行叛逃。

　　在游戏的这个阶段，玩家的主要活动区域是在损坏的舰队区域。大量的工程师在对飞船进行拆解、修复，罗舟这些士兵们则是负责巡逻、站岗，表面上是在警惕虫族的威胁，实际上是为了防范飞船派的人。

　　在第一批飞船成功修复之后，行星发动机附近突然发现虫族活动的痕迹，士兵们被紧急征召前往迎战虫族，罗舟则是按照指挥官的指示继续保护飞船。飞船派果然发动叛乱想要抢夺飞船，主角所在的小队跟叛军激烈交火，最终在共同努力之下，成功击败叛军，粉碎了飞船派的计划。

　　这次的战斗内容是一次比较长的电影化流程，全都是在星际战舰所在的场景进行的。

　　在星际战舰外，严禁大型作战武器进入禁区，但还是有大量的叛军通过种种方式混了进来。这些叛军的目的就是夺取星际战舰叛逃，罗舟的小队和其他战士们在星际战舰内部跟叛军激烈交火，并最终将他们全都消灭。

　　不过在战斗的最后，恼羞成怒的叛军孤注一掷，使用了特殊的生化武器，虽然战斗最终结束了，但罗舟和很多士兵都遭受重创。

　　执政官决定让这批战士进入冬眠，并通过机械义肢等新技术修复他们的身体，让他们在未来的某个时间再度复活。

　　虽然这次成功瓦解了飞船派的图谋，但执政官意识到这很可能只是一次试探，真正的飞船派组织隐藏得一定很深，在未来还有可能会卷土重来。所以，他在暗地里给这批冬眠的战士一份特殊的使命，就是在自己死后，也能保证星际火种计划可以顺利地推行下去。

　　第三阶段的内容到此为止，这个阶段算是剧情前半段的一个小高潮，电影化流程能够最大限度地激发玩家的情绪，各种大场面的营造让玩家的肾上腺素激增。在战斗中，穷凶极恶的叛军、队友负伤、爆炸和混乱的场景，等等这些元素都可以很好地调动玩家的情绪，让第二阶段被压抑的情绪得以释放。

　　第四阶段的内容，是罗舟冬眠结束后的剧情。

　　自从主角冬眠之后已经过去了数十年，等他从冬眠中苏醒过来之后，整个人类世界已经发生了天翻地覆的变化。

　　在冬眠中心服务人员的引导下，罗舟领到新的防护服，去军营报道。离开冬眠中心之后罗舟才发现，原来现在人类已经转入了地底，外面的世界也已经发生了翻天覆地的变化。

　　原本的执政官已经死去，现在的新任执政官不论是手腕还是能力都要略逊一筹，表面上风平浪静，实际上高层的局势已经是乱成一团。